Macromolecular crowding effects in crowded biomolecular environments
- In dieser Arbeit werden Computer-Simulationen eingesetzt um den Einfluss biologisch relevanter, konzentrierter Umgebungen auf das strukturelle Gleichgewicht von (Bio-)Polymeren zu untersuchen. Für diese Simulationen wird ein zuvor beschriebener Monte Carlo Algorithmus verwendet, welcher die Flexibilität der Moleküle anhand von strukturellen Ensembles beschreibt die im Vorfeld gewonnen werden. Untersucht werden in dieser Arbeit Lösungen des Proteins Lysozym aus Huhn-Eiweiß, wobei der Einfluss des Simulations-Protokolls zur Erzeugung der Struktur-Ensembles auf Eigenschaften simulierter Systemeanalysiert wird. Darüber hinaus werden anhand von Simulationen des Polymers Polyethylen Glykol (PEG) die Einflüsse attraktiver und repulsiver Wechselwirkungen zwischen Molekülen auf die Gleichgewichts-Struktur der Polymere untersucht. Letzteres wird zum einen in reinen PEG Lösungen durchgeführt als auch in Anwesenheit von Proteinen, wie dem zuvor untersuchten Lysozym und Rinderserum Albumin.
Download full text files
Additional Services
| Author: | Bibhab Bandhu MajumdarGND |
|---|---|
| URN: | urn:nbn:de:hbz:294-62433 |
| DOI: | https://doi.org/10.13154/294-6243 |
| Referee: | Matthias HeydenGND, Lars V. SchäferORCiDGND |
| Document Type: | Doctoral Thesis |
| Language: | English |
| Date of Publication (online): | 2019/01/17 |
| Date of first Publication: | 2019/01/17 |
| Publishing Institution: | Ruhr-Universität Bochum, Universitätsbibliothek |
| Granting Institution: | Ruhr-Universität Bochum, Fakultät für Chemie und Biochemie |
| Date of final exam: | 2018/12/18 |
| Creating Corporation: | Fakultät für Chemie und Biochemie |
| GND-Keyword: | Biomolekül; Computersimulation; Molekulardynamik; Flexibilität; Monte-Carlo-Simulation |
| Institutes/Facilities: | Max-Planck-Institut für Kohlenforschung, Mülheim an der Ruhr / Abteilung für Theoretische Chemie |
| Dewey Decimal Classification: | Naturwissenschaften und Mathematik / Chemie, Kristallographie, Mineralogie |
| faculties: | Fakultät für Chemie und Biochemie |
| Licence (German): |  Keine Creative Commons Lizenz - es gelten der Veröffentlichungsvertrag und das deutsche Urheberrecht |
